Dans un futur proche à Tokyo, des fantomes apparaissent dans la ville et sèment la panique. Plusieurs unités du gouvernement sont chargées de combattre cette menace d’un nouveau genre. Certaines unités dépendent de l’armée et du ministère de la défense: il s’agit de militaires équipés de dispositifs oculaires pour voir ces fantomes - normalement invisibles à l’oeil nu - Mais d’autres unités de lutte anti-fantomes sont tout à fait particulières, non seulement car elles dépendent du ministère de l’environnement mais aussi car elles sont composées de personnes possédant des dons, et en particulier celui de voir les fantomes sans équipement , eventuellement associé à d’autres pouvoirs qui les aident dans leur tâche.
Dans l’animé on suit plusieurs équipes du ministère de l’environnement ainsi que leur combat incessant et rendu plus difficile encore par le fait que certains membres de l’agence, dont on avait perdu la trace, semblent avoir réapparus sous la forme de fantomes, et cela sans compter les intrigues politiques sous jacentes.
